Pembelajaran di SMA Negeri 1 Aifat mengikuti kurikulum SMA yang berlaku secara nasional dengan penguatan peminatan MIPA. Sekolah menyesuaikan kedalaman materi dengan kondisi peserta didik dan ketersediaan sarana di Aifat.
Kelompok mata pelajaran
- Umum: Pendidikan Agama, Pendidikan Pancasila, Bahasa Indonesia, Sejarah, Bahasa Inggris, PJOK, Seni Budaya, Prakarya/Informatika.
- Peminatan MIPA: Matematika, Fisika, Kimia, Biologi.
- Pendamping: bimbingan konseling, penguatan literasi dan numerasi.
Prinsip pembelajaran
Guru diarahkan merancang pembelajaran yang aktif, menggunakan lingkungan sekitar sebagai sumber belajar — hutan, sungai, kebun, dan budaya Maybrat — serta menilai proses bukan hanya hasil akhir.
Penilaian
Penilaian harian, tengah semester, dan akhir semester dilaksanakan menurut kalender pendidikan Kabupaten Maybrat. Asesmen nasional diikuti sesuai ketentuan dinas.